河流水質自動監測站常用的監測儀器和監測項目要根據水源的主要用途和水質自動監測系統的監測目的確定，通常可實現自動監測的項目如下：

　　1、常規指標：水溫、電導率、pH值、溶解氧、濁度、氧化還原電位、鹽度、懸浮物等。

　　2、鹽類及有機污染綜合指標。高錳酸鹽指數、化學需氧量、總有機碳、生化需氧量、總需氧量、UV、總磷、總氮、氨氮、硝酸鹽氮、石油類、硫酸鹽、氯化物、活性氯、氟化物等。

　　3、水質污染物。如金屬離子、酚等。

　　4、水質的生物指標。如大腸菌群、葉綠素等。

　　5、水文氣象參數。如流量、水位、氣溫、濕度等。

　　河流水質自動監測站的運行是由專用的控制設備控制的。這個控制系統包括硬件、軟件兩部分，硬件部分的組成通常是PLC程序控制器或工業控制計算機及自動執行元件等；軟件有可編程的組態王軟件或機器語言編程的應用軟件等，控制和數據采集系統完成的主要功能是系統運行過程控制，數據采集、處理及存儲等。

　　河流水質自動監測站的信息傳輸方式有有線、無線、衛星通訊等。水質自動監測站儀器監測數據、報警信號、狀態信號可自動上傳至管理控制中心，管理控制中心也可通過撥號連接水質自動監測站控制器，調取水站數據，發送控制儀器運行的相關指令。